I Transportstyrelsen samlas verksamheten från Luftfartsstyrelsen och Järnvägsstyrelsen i sin helhet, delar av Sjöfartsverket (Sjöfartsinspektionen, Sjöfartsregistret och kustfartstillståndsfrågor) och Vägverket (Vägtrafikinspektionen, Trafikregistret och hela eller delar av de enheter som har normering, tillståndsgivning och tillsyn). Därutöver läggs också vissa delar av verksamhet vid Banverket, Boverket och Tullverket över på den nya myndigheten. Den 1 januari 2010 tar Transportstyrelsen även över länsstyrelsernas uppgifter för körkorts- och yrkestrafikfrågor. Huvudkontoret ska ligga i Norrköping.
Generaldirektör för den nya myndigheten blir Staffan Widlert, i dag generaldirektör för Rikstrafiken och teknologie doktor i trafikplanering.