Av budgetpropositionen kan man utläsa att det svenska sjöfartsstödet som infördes den 1 oktober 2001 har gett en stabil grund för den svenska handelsflottan.
Den nya regeringen fortsätter också det sjösäkerhetsarbete som Sverige bedriver såväl nationellt som internationellt. Bland annat genom påskynda internationella regler, som EU:s tredje sjösäkerhetspaket där skärpta kontroller av utländska fartyg är en del.
Man fortsätter också arbetet med så kallade sjömotorvägar inom EU, där Sverige varit pådrivande.
Den 1 januari inordnas Handelsflottans kultur- och fritidsråd, HKF, i Sjöfartsverket. Verksamheten bekostas som tidigare huvudsakligen av farledsavgifter. Kostnaden för avvecklingen av HKF ska Sjöfartsverket stå för.
Osäkerheten på området ligger i kostnaden för sjöräddningshelikoptrar. Tidigare fick Sjöfartsverket använda Försvarsmaktens helikoptrar till en billig penning. På grund av de förändringar som skett inom försvaret måste Sjöfartsverket nu upphandla privata helikoptertjänster. Trots att man försökt samordna helikopteravtalen med andra verksamheter som också behöver räddningshelikoptrar har kostnaderna stigit drastiskt. Från 4 miljoner kronor 1999 till beräknade 100 miljoner kronor i år. Och kostnaderna beräknas öka till 130 miljoner för år 2007. Verksamheten styrs av internationella konventioner som Sverige har antagit.
Trots det beräknar regeringen att Sjöfartsverket ska klara de fortsatta investeringarna i farleder, trafikövervakning med mera med egna medel.