Det var de 18 juni 2006 som Stockholmståg övertog driften av pendeltågstrafiken i Stockholm från Citypendeln.
I samband med övertagandet kom de båda företagen överens om att det nya bolaget skulle ta över personal och samtliga skulder till personalen som Citypendel hade.
Det gällde exempelvis semesterskulder, social avgifter, pensionsreserv och kompsaldo. Kostnaderna för skulden till personalen skulle Citypendel betala in till Stockholmståg. En del inbetalningar har gjort men enligt Stockholmstågs uppfattning saknas det fortfarande 5,5 miljoner kronor.
Pengarna gäller så kallade FV-dagar. Det är kompensation till skiftarbetande personal för att de arbetat helgdagar som infaller på en vanlig veckodag.
Personalen kompledigheter påverkas inte av tvister mellan de båda bolagen.