Extrapengarna är endast en tiondel av de 38 miljarder som Trafikverket anser behövs för att göra järnvägsnätet dugligt, på tio år.
3,6 miljarder räcker, enligt samma utredning från Trafikverket, till att behålla punktlighet och kapacitet på dagens nivå.
Enligt statsminister Fredrik Reinfeldt har dock regeringen slagit i taket med kommande års satsning.
– Trafikverket klarar inte att ta hand om mer pengar än så här, sa han till ett samlat pressuppbåd när han tillsammans med sina tre allianskolleger Maud Olofsson, Göran Hägglund och Jan Björklund besökte Trafikverkets pendeltågsprojekt Citybanan i Stockholm på tisdagen.
Seko anser att fem miljarder är ett bra tillskott, men att det är en kortsiktig satsning.
– Det handlar mer om att vårda det befintliga och ta hand om akuta behov än om att ge järnvägen en långsiktig lösning, säger Seko ordförande Janne Rudén.
Enligt Seko behöver Trafikverket ett utökat anslag på 3,3 miljarder per år de närmaste fyra åren, samt 2,4 miljarder per år i ytterligare sex år.
Förutom järnvägen föreslår regeringen i den kommande budgeten att vägnätet får 1,5 miljarder extra under 2012-2013. Pengar som också de ska gå till underhåll, som ny vägbeläggning.
Fredrik Reinfeldt var vid pressträffen noga med att påpeka att de föreslagna miljarderna är tillfälliga pengar. Det finns inga planer på särskilda tillskott till drift och underhåll efter 2013.
– Vi har lyssnat på resenärerna. De vill ha fungerande trafik och därför satsar vi på underhåll istället för att bygga nytt. Men vi lovar inte att problemen är ur vägen, sa Fredrik Reinfeldt.
Näringsministern och centerledaren Maud Olofsson la till:
– Det är sexigare för politiker att sätta spaden i marken än att satsa på underhåll, sa hon.
Trots att järnvägen de närmaste två åren får mer pengar till underhåll än vägarna får vägnätet totalt sett mer pengar, 11 miljarder mot sju för järnvägen.
Det förklarade Maud Olofsson med att medborgarna inte bryr sig om vilken typ av transportmedel staten satsar på.
– Man ser det som en helhet, bil och tåg hör ihop, säger hon.
Pressträffen föregicks av ett besök på ett av de större nya järnvägsprojekt som pågår i Sverige, Citybanan i Stockholm. Den ska leda pendeltågen genom stan och kostar 16,8 miljarder. 2017 ska den vara klar. Projektchef Kjell-Åke Averstad säger att budgeten håller, än så länge:
– Men det återstår många kritiska moment innan vi är säkra på att tidplanen håller och därmed budgeten, säger han.