Tillståndet har emellertid ett antal villkor som innebär att Banverket måste utföra kompensationsåtgärder för intrånget i Natura 2000-områdena. Bland annat gäller det att bevara miljöer för rastande fåglar.
De som motsatt sig banans dragning – markägare, Naturskyddsföreningen och Sveriges ornitologiska förening – har menat att skadorna på miljön blir så allvarliga att de inte går att kompensera. De har nu möjlighet att överklaga beslutet till Miljööverdomstolen.